日生は若くして僧階を昇進し、宗派内の重責をつとめた。1888年（明治21）10月、22歳で妙満寺派小学統に任命以後、中学統（1889年４月）、大学統（同年８月）、権僧都（1890年12月）と着実に昇進し、1889年（明治22）１月に宗会原案起草委員に任命以降、公会議員への当選（同年４月）、宗門要書取調委員長（1890年８月）、教務部長（同年11月）と宗派内の要職に就く。赴任先は、上京後の1889年（明治22）３月に姫路の妙善寺住職へ転任したが、７月には東京の浅草区永住町盛泰寺、同年９月には浅草区吉野町円常寺に転じ、さらに1891年（明治24）４月には浅草区新谷町慶印寺住職を兼任する。以後、東京を活動の本拠地としている。また1890年（明治23）２月５日、日生は河野日台・小林日至（日生の叔父）・山内太久美（桜渓、日至の義弟で日生の叔父）・小川会庸・金坂教隆・清瀬貞雄（日憲）・山根顕道（日東）・井村寛冉（日咸）らの宗派の有志と、各宗教の「宗義」の研究を掲げた「宗義講究会」を結成する（日生は幹事を担当し、河野が会長）。７日には「宗義講究会誌」を創刊し、河野が発行兼編集人、日生が編輯人をつとめた。
日生は生涯を通じて数多くの運動体を組織しているが、ここでおもな運動体を確認しておこう。宗義講究会以降、1896年（明治29）12月、30歳の日生は日蓮門下統合の実践母体として、僧侶や在家者を結集した「統一団」を組織し、自らの活動の基盤とする。1909年（明治42）１月には「天晴会」（日蓮仏教の研究会）、その秋には「講妙会」（仏教経典の研究会）、翌年２月には「妙経婦人会」（婦人教化団体）、３月には「第一義会」（日蓮仏教の研究会）、翌1911年（明治44）５月には「地明会」（天晴会の女性団体）をそれぞれ組織している。こうした諸団体を通じて、当時の名士や婦人、学生を組織して日蓮主義の社会的な布教・教化活動を実践した。さらに1918年（大正７）３月に「自慶会」（労働者の「慰安と善導」を目的とした教化団体）、1922年（大正11）11月に「立正結社」（「立正大師」謚号宣下を記念して結成された教化団体）、1924年（大正13）１月には「国本会」（「国民精神作興詔書」に応答して結成された教化団体）、1928年（昭和３）７月には「知法思国会」（国民の「思想善導」を掲げた教化団体）をそれぞれ結成して、精力的な国民教化運動を展開した。なお、社会教化活動に関しては、1924年（大正13）に結成された「教化団体連合会」（のちの中央教化団体連合会）の理事（のちに参与）としても関与している。

この時期、門下第二の勢力を誇る妙満寺派においても、近代教団制度の形成に向けた「革新・保守両派の抗争」が生起した。ここに革新派・本多日生が登場する。
1888年（明治21）９月13日、京都の妙満寺派学林長をつとめていた39歳の河野日台を筆頭に、白井日熙・横溝日渠・本多日生・山本日康・成島隆康・井村寛冉・小川玉秀・野口量印・松本日新・笹川日方の連名で、９項目２万7,000字におよぶ宗派改革の請願書が管長の板垣日暎に提出された。これらの僧侶は、妙満寺派の改革を求めて結成された「扶宗党」の成員であった。河野は日生と協力し、浅草の慶印寺（河野の住職寺）を拠点として「扶宗党」を組織し、宗派改革を求める請願書を提出した。
河野時中によれば、妙満寺派における「宗門体制改革の気運」は、この年の８月以降に「熟成」された。まず８月２日、千葉大網の蓮照寺で横溝日渠を代表とする「護法同盟会」が結成され、53名の同志が宗派改革を開始する。同月５日には板垣管長に改革案８項目を提出し、却下されている。27日には、千葉士気の善勝寺の小川玉秀（日園）が寮持・法類持の寺院相続による弊害の改正を訴願したが、これも却下されている。こうした一連の動向の中で、扶宗党が結成され請願書が提出されたのである。
さて請願書の内容であるが、「学事制度に関する意見」「布教方法に関する意見」「宗務組織に関する意見」「財務整理に関する意見」「公会開設の意見」「資格確定に関する意見」「賞罰法度に関する意見」「教式制定の意見」「住職進退に関する意見」からなる。
その冒頭、「今ヤ本派ノ状態ヲ観察スルニ、実ニ悲憤ニ堪ヘサルモノアリ」と、妙満寺派の現状に対する批判が呈示されている。扶宗党に集った革新派の僧侶たちから見れば、「積年ノ流弊」は「金剛ヨリモ猶ヲ堅ク、滄海ヨリモ猶深」いものであった。それは「法類高位ノ檀横」が行われ、「宗制寺法ノ制定ヨリ、住職進退ニ至る百般ノ処置、悉ク陰謀機密ヲ用ヒ」るような状況であった。河野や日生らは、「私情臆断ノ制度」に対する抜本的な改革を求めて改革案を提出した。それは、学事・布教方法・宗務組織・財務整理・公会開設・資格確定（本山・末寺・教会・貫主・僧侶・信徒の資格について）・賞罰法度・教式制定にわたる。請願書の末尾では、「派内ノ実況ヲ比照シ、速ニ公会ノ開設ヲ布達」することを請願している。
その結果、板垣は同年12月18日付で、「漸ク世ノ進化ニ隨ヒ得失一凖ナラス因テ宗規ヲ改良シ興学布教旺盛ラナシメンカ為明治二十二年五月ヲ期シ一派会議ヲ開ク」こと、つまり宗制改革のための公会開催を宗派内へ布達した。翌年の１月には河野や日生・白井・野口・井村らの扶宗党の成員が宗会原案起草委員会に任命され、原案（改革案）の作成に入った。また４月には公会議員が選出され、扶宗党の成員は公会議員として公会に参加することになった（河野は宗会議長に選出）。
そして1889年（明治22）５月28日から７月８日、宗会原案起草委員会によって起草された原案（改革案）にもとづき、浅草慶印寺で妙満寺派の公会が開催された。公会では、－－議事録を見る限りでは－－日生の発言回数がもっとも多く、ほとんどの議論に対して日生が応答するといった形で進行していった。当日、たとえば管長の「宗務上ノ責任」に関する議論がなされている。旧宗制では、管長は総本山住職が就任すると規定されていたが（「第二章　管長選定法」第三条）、新たな宗制（改革案）では管長は公選のうえで選定され（「第三章　管長」第十四条）、総本山の住職（貫主）をつとめること（同章第十五条）に改定された。
また、寺格に関する議論もなされた。改革案には寺格を設けないことが規定されていたが（「第六章　寺法」第四十二条）、この議案については「該派屈指の本多十三番議員などが最も之に同意を表」したため、ほとんど反対者がでなかった。この寺格こそが、（仏教各宗にとって）教団の中央集権化の際の躓きの石であった。この寺格をめぐって、日蓮宗では「合末論」による紛争が起こっている。妙満寺派は日蓮宗に比べて勢力が小さかったこともあり、総本山妙満寺を頂点とする一宗派一本山制を達成することができた。
こうして公会は無事に終わった。新たな宗制は「総則」と「宗憲」にわかれ、「宗憲」は「第一章　立教改宗」から「第二章　僧侶」「第三章　管長」「第四章　宗会」「第五章　学林」「第六章　寺法」「第七章　宗務総監部長及評議員」「第八章　司律」「第九章　会計」「第十章　補則」の全10章全59条からなる。また管長選挙法と宗会、議員選挙法、評議員制に関する「付則」が付されていた。８月27日の内務省の認可によって、新しい宗制が９月１日付に宗派内に布達される。
この宗制によって、妙満寺派の教団制度の改革が達成された。妙満寺派においては、河野や日生たちの革新派の主張が通り、中央集権体制が樹立される。またこの時、千葉の宮谷の大学林を東京の浅草区永住町盛泰寺へ移転すること、千葉の下総の宗務本庁を京都の妙満寺へ、支庁を浅草区妙経寺へ移すことが決定された。人事も移動し、管長には坂本日桓、宗務総監に板垣日暎、法務部長に河野日台がそれぞれ任命されている。しかし、こうした急進的な改革に対する反動が、後日、惹起する。河野や日生は宗派内からパージされることになる。

この研究会の活動についての日生の見解が、「宗義講究」［1890b］と題された論説に示されている。
「凡ソ一事一物ノ真理ヲ発見セント欲セハ必ス詳密周到ナル講究ヲ要スルハ論ナシト雖モ之ヲ講究スルニ富テ先ツ講究ノ方則ヲ確定スルヲ以テ必要トス彼ノ泰西諸学ノ進歩シテ殆ト発達ノ極度ニ達シタル所以ハ種々ノ事情ニ由テ此ニ至リタルモノナリト雖モ多クハ講究方則ノ整定セルニ是レ由ルモノト謂フヲ得ヘシ」。
日生は、哲学館の学生として近代の学知としての「泰西諸学」を受容していたことが推測できるが、「宗義講究」を近代の学知の「講究方則」、すなわち方法論を介して行おうとする日生の立場が確認できる。
つづけて「教学ハ其性質全ク反対ナルモノナレハ之ヲ講究スル方則亦大ニ異ナラサルヲ得ス則チ学問ニハ学問ノ講究方則アリ宗教ニハ宗教ノ講究方則ナカルヘケンヤ」とのべる。「然ルニ方今ノ仏教ハ講究ノ方則汎濫散漫トシテ殆ト依帰スル所ヲ知ラサルニ至レリ」として、「実ニ講究ノ方則ヲ評定スルハ宗義講究ノ一大問題ト謂フヘシ」と力説する。日生は近代知としての「学問」に対して、「宗教」の「講究方則」の独自性を確保しながらも、「仏教」の「講究ノ方則」の不備を主張する。そしてここに（仏教の）「講究方則」を、「宗義講究ノ一大問題」として提起するのである。その結論において、「仏教ノ教義ハ学理ト雙進併行スルノミナラス能ク学理ヲ包容シテ尚且ツ人智ニ超出シタル所ノ至深至妙ノ真理ヲ開示セリ」と、最終的には近代知に対する仏教の優越性を力説する。だがここでは日生のいう「宗義講究」が、近代知を媒介とした宗教（仏教）の教義の検討作業であること、またそれは仏教の「講究方則」（方法論）の検討であることを確認しておこう。以後、日生は近代知としての「宗教学」の方法論を援用しながら、日蓮教学を整理していくことになる。
こうした「宗義講究」の態度は、当時の妙満寺派が抱えていたきわめて現実的な課題でもあった。そのことが、「宗義講究会誌」における当時27歳の清瀬や15歳の井村の言説から明らかとなる。
この年の６月12日から７月５日にかけて、東京の築地本願寺別院で仏教各宗管長会議が開催され、浄土真宗本願寺派の大谷光尊を会長とする「仏教各宗協会」（以下、各宗協会と略）が設立された。「貧民救助」「仏教慈善会開設」「教育普及ヲ謀ル事」「殖産興業衛生等ヲ奨励スル事」などの事業とならんで、「新タニ精密ナル各宗ノ綱要ヲ編成シ之ヲ欧文ニ翻訳スル事」が議決された。すなわち、統一団結成の契機となる「仏教各宗綱要」の編集が決定されたのである（詳しくは、次節２（１）で後述）。なお、桜井匡によれば、この時期の仏教界は協力・提携に向かう傾向が強く、各宗協会のほかにも同年１月には各宗の有志と学生の800余名が集まって「仏教各宗懇話会」が開かれ、４月には30余名を集めた「仏教者大懇親会」が開催されている。
このような仏教界の動向の中で創設された各宗協会であるが、その規約の「第一章　綱要」の第一条には、「本会ハ仏教各宗ヲ協同団結シテ共ニ興隆ノ進路ヲ取テ提携運動スルヲ目的トス」とある。清瀬［1890］と井村［1890］が、これに噛みついた。清瀬と井村の批判のポイントは明確で、両者にとって－－つまり宗義講究会に集う妙満寺派の僧侶たちにとって－－各宗の「興隆」の前提は、宗義の講究であった。
清瀬は、次のようにのべる。
「所謂る興隆と云へるものは。必す宗義の興隆なるへし。若し宗義の興隆にあらすと謂はゝ。各宗管長は何種の興隆を。謀んとするか。宗派の興隆は。宗義の明らかにして。且つ隆なるを謂ふものなれは。宗義の興隆を外にして。外に興隆を謀るへきものなし。」
井村も同様の批判を行っている。この主張は、いわば「宗義講究会誌」の方針にもとづく批判であった。興味深いのは、清瀬が「四箇格言」をもって（日蓮仏教と）他宗との宗義の差異を強調し、井村が「本宗各派相互の関係に於ける。猶其折伏主義を確守して。敢て一歩を抂けす」と、「折伏主義」を強調している点である。つまり、後年の「仏教各宗綱要」における四箇格言問題は、日生ひとりによって引き起こされた問題ではなく、宗義講究会に集った妙満寺派の僧侶たちに共有されていた折伏重視の宗教的パースペクティヴにおいて、すでに予想されていた事態なのである。また、清瀬は（宗義の）「甲乙相較へ。其劣れるものを捨てゝ。其勝れるものを取り。雑多を簡んて。其一に帰する」を意味する「取勝帰一主義」を唱えているが、「宗義講究」の最終目的が自宗派の「宗義」の顕揚であることは明らかである。つまり宗義講究会の「宗義講究」とは、各宗派の宗義（教義）の検討作業にもとづき、妙満寺派の立場を鮮明化する作業であったといえるのではないか。
だが、宗義講究会の活動はとぎれた。河野や日生らの性急な宗派内改革に対する反動が起きて、宗派内は紛糾し、革新派は僧籍の剥奪という決定的な処分を受けるのである。

（３）宗派改革と顕本法華宗義弘通所の開設
革新派は公会の開催を通じて宗制改革を実現し、大学林や宗務支庁などの宗派内の重要機関を千葉から東京へ集中させた。さらにこの年（1890年）11月の人事移動では河野が大学林長、白井が本山部長、日生は教務部長に任命され、革新派僧侶が宗務庁のポストを独占する。宗派内の権力を完全に掌握することになる。しかし、「妙満寺派の寺院勢力は何としても千葉の七里法華である」。権力を奪われた千葉の保守派の長老たちの巻き返しがはじまる。
この年末、日生たちは前年の宗制改革にもとづき、雑乱勧請の廃止（民俗信仰の撤廃）と本尊の統一（大曼陀羅一体か三宝式）を宗派内に指示する。とりわけ千葉の諸寺院では、本尊とは別に薬師如来や鬼子母神を勧請し、これらの民俗信仰による御利益信仰で寺院経営を行っていた。日生たちは、その「改革」を要求したのである。この政策は宗派内（とりわけ千葉の保守派僧侶たち）の猛反対を呼び、宗派内が紛糾する事態となった。翌1891年（明治24）、責任をとって坂本管長が辞任し、５月には保守派の錦織日航が管長に就任する。ここから保守派の反攻による革新派のパージがはじまる。同月、日生は教務部長を解任され、宗務総監の板垣、法務部長の井村も罷免された。さらに日生は７月に浅草慶印寺住職の兼任を解任される。「日宗新報」397号（明治24年７月28日発行）には、「妙満寺派の紛擾」と題された記事が掲載されており、「近来派内に紛擾を生し異論百出或ハ宗務庁職員の更迭を来し其外種々云ふに忍びざる事あり」と報じられている。日生に対する処分はつづき、同年12月には福島県二本松蓮華寺への左遷命令が下った。病気を理由に転任を断ると、翌年１月には剥牒処分が下され、僧籍が剥奪されてしまう。小林も一緒に僧籍を剥奪され、河野も千葉県片貝村小関妙覚寺に左遷されている。こうして完全に革新派と保守派の形勢が逆転した。
宗派から追放された小林と日生は、小川・金坂・井村らとともに独自の布教・教化活動を開始していく。さっそく１月に神田猿楽町に「顕本法華宗義弘通所」（顕本法華の「宗義」の弘通所！）を設置した。この弘通所はのちに浅草の蔵前南元町、浅草新福井町へ移転され、「顕本法華宗第一宗義布教所」となる。
日生たちは弘通所開設の際、全15章34項からなる「顕本法華宗義要項」（以下、要項と略）を同年１月付で発表している。その内容は宗号所由（第一章）からはじまり、伝道相承（第二章）・所依経釈（第三章）・宗旨肝要（第四章）・本門本尊（第五章）・本門戒壇（第六章）・本門題目（第七章）・修法目的（第八章）・所期国土（第九章）・教相判釈（第十章）・本迹関係（第十一章）・正助合行（第十二章）・弘法綱格（第十三章）・処世志願（第十四章）・謗法厳戒（第十五章）からなる。一章では「顕本法華」の宗号の由来を、「釈尊出世の本懐宗祖弘通の元意全く顕本法華の妙旨を宣揚するにあるが故なり」と規定している。また本尊として曼荼羅を指定し、「信仰の統一」のため、「本尊の外は凡て勧請」を認めていない（五章）。さらに「一国の君民皆本宗に帰依する時に至らば最勝の地を選んで大戒壇場を建立す」と、本門戒壇（事壇）を規定し（六章）、教化方法として「折伏の行法に依」ることが明言され（十三章）、「謗法厳戒」（十五章）を強調している。そして「本宗は立正安国の主旨を守り国家の福祉を増進し衆生の善報を発達せしむる」ことを宣言している（十四章）。この要綱には、日生たちの立場が明確に表現されている。
この年の10月、－－管見の限りでは－－日生の初の著作である「祖師のおしえ」が蔵前南元町の顕本法華宗義弘通所から刊行された。その内容は「開目鈔」や「観心本尊鈔」をはじめとする日蓮遺文を抜粋し、その略解を付すという構成になっている。
翌年２月には、岡山市内の内山町に「同第二宗義布教所」、11月には「同第三宗義布教所」を岡山市内の津山町に、さらに翌1894年（明治27）10月、神戸市橘通２丁目に「同第四宗義布教所」がそれぞれ開設されている。この翌年、日生が復権する。

「各宗綱要」は「日本現流ノ十三派ノ歴史並ニ宗意ヲ世間普通ノ文字ヲ以テ可成平易明鬯ニ叙述シ然ル後ニ欧語ニ翻訳セシムル事」を目的として、同年10月から編集作業がはじまった。編集メンバーとして、島地黙雷（浄土真宗本願寺派）が編集長、釈宗演（臨済宗）・進藤瑞堂（臨済宗）・芦津実全（天台宗）・土宜法龍（真言宗）が編集委員、南条文雄（浄土真宗大谷派）と藤島了遠（浄土真宗本願寺派）が欧文編集委員をそれぞれつとめた（その後、釈と土宜は辞任）。
妙満寺派では、小林と日生の剥牒処分後、宗務総監の山田日暲が中心となって原稿が作成され、1893年（明治26）７月27日に編集長に届けられた。この原稿は、同年８月28日に「本宗宗義綱要」として刊行されている。しかし、提出された原稿の宗義（教義）の内容は、日蓮宗と「別に大差もない」ものであった。妙満寺派独自の原稿執筆のため、日生復帰を望む声が宗派内に起きる。こうして1895（明治28）年４月、小林と日生が復権する。ふたりによって新たに原稿が執筆され、同年12月10日、各宗協会に再提出された。この原稿は、翌年２月28日、「本宗綱要」として日蓮宗妙満寺派宗務庁から刊行された。
だが、じつは小林と日生らは、すでに1890年（明治23）10月の時点で原稿を完成させていた。「宗義講究会誌」11号（明治23年８月15日発行）の「時報」欄には、次のような記述がある。
「管長会議に於て議決せし各宗綱要編纂は九月下旬迄各宗とも悉皆取纏める都合のよし近頃同派に於てハ清瀬貞雄井上完全（井村寛冉か？－筆者註）本多日生氏の三氏編纂員に浦上純哲小林日至の両氏顧問に命せられ此炎暑をも厭はず日夜編纂に従事し居れり」。
さらに同13号（同年10月15日発行）の「雑報」欄には、「本派綱要編纂成る」の記事があり、「八月上旬の頃より本派綱要編纂委員がこれに打ち掛り居られしか是程漸く脱稿したる」とある。原稿は顧問へ回され、さらに「元老先師」へも回送して「念に念を入れ」て確認されるため、まだ「余程の日子を要する」ことが報じられている。しかしこの後、小林と日生は僧籍剥奪を受けるため、この原稿は山岬の原稿に取って代わられる。だが最終的には、小林と日生によって原稿が執筆されたというのが、その作成過程である（なお、最終原稿と最初の原稿との異同は不明）。
小林・本多［1896］の内容構成は、以下の通りである（当然、「各宗綱要」の書式に依拠している）。「第一部　史伝部」と「第二部　宗義部」にわかれ、後者は所依経釈・宗名解釈・教相判釈・総明宗義・開権顕遠・一念三千（其一・其二・其三）・三大秘法・行者安心・所期国土・修法方軌・宗教五綱・摂折二門・四箇格言・処世志願・謗法厳戒の全17章からなる。この原稿は規定枚数を超過しているため、縮小することを求められた。妙満寺派側はこれに応じ、構成は変えずに文章を短くし、1896年（明治29）２月21日に再々提出した。この中の「四箇格言」の内容が大問題となり、いわゆる「四箇格言問題」が発生する。

　10月12日、妙満寺派側は削除部分の編入を求めて、板垣日暎管長（この年の４月に管長に再任）を原告とし、会長の大谷光尊と編集メンバーの島地黙雷・芦津実全・進藤瑞堂に対する訴訟を起こした。訴状において、妙満寺派は「抑四箇格言なるものは日蓮宗破立の教義にして謗法厳戒とは正法に異背せさることを訓戒したるものなれは原告の宗派に於ては最も緊急なる宗意にして之れを省略するに於ては宗意の大本を失するに至るへし」とのべる。つまり妙満寺派は、「四箇格言」に見られる他宗批判において自らの宗派的アイデンティティを確保している以上、他宗との「宗義宗制を妨げざる限りに於て」の「協同提携」は最初から困難であったのである。この点は清瀬や井村によって主張されていたわけであるが。
　11月17日、京都で仏教各宗協会の臨時大会が開催され、この問題に対する対応が討議された。「日蓮宗妙満寺派綱要中四箇格言の一題は之を削除するを可とす」、また「仏教各宗綱要は当分妙満寺派綱要を除去したるものを発売せしむ」という議案が提出され、いずれも最多数をもって議決された。なお、日蓮宗と本成寺派・本隆寺派は妙満寺派を助けて「四箇格言」は除くべきではない、との見解をのべている。実際に妙満寺派のページは、同年12月25日の訂正３版をもって「各宗綱要」から削除されている。
　この問題は、妙満寺派以外の日蓮門下教団にも波及した。たとえば「日宗新報」610号（明治29年９月28日号）の「社説」では、「妙満寺派と各宗綱要／（四箇格言は破立の公道なり志士夫れ奮起せよ）」と題して、妙満寺派を支持する見解を提示している。以降も断続的にこの問題に関する記事が掲載されていく（とりわけ「日宗新報」編集長の加藤文雅は、積極的に妙満寺派の活動を支持した）。
　この事件に対する妙満寺派の中間報告書ともいうべき「日蓮大聖人献身的之大問題　仏教界目下之大訴訟」が、この年の10月23日に刊行された。この中で日生は「本問題の運動方略及び希望」として、日蓮宗と本成寺派・本隆寺派をはじめとする日蓮門下の僧侶たちと連携し、東京府下各地に「大演説会」を開くこと、また11月10日に東京地方裁判所で開催される口頭弁論に信徒を動員し、この問題を社会的にアッピールすることを提起した。
　さらに次のように宣言する。
　「妙宗統一団なるものを発表し同宗各派角上の争を去て日宗統一の大業を企図し諸宗の人法を折伏摧破して一天四海皆帰妙法の祖判を全ふし立正安国の実を明治の聖代に観んとす本問題の希望実に茲にあり」。
　ここにおいて、統一団の結成が主張された。さらに「妙宗統一団設立の主意を陳へて各派の志士に檄す」という檄文が掲載され、巻末には「妙宗統一団規則」（以下、規則と略）が掲げられている。この規則を通じて、「妙宗統一団」（以下、統一団と略）の基本的性格を確認しておこう。
　統一団は、「内妙宗各派の教義を比較的に講究し其旨帰を統一するを務め外権実起尽の旨義を発揮し各派の団結力を以て権門の淫祠教徒をして再び社会に立つ能はさらしむる」ことを目的として、「妙宗各派の道念堅固なる僧俗」から設立された。団員は妙満寺派僧侶が中心で、妙満寺派の信徒も参加していた。運動の方法として、比較講究会の開催・雑誌の発行・演説会の開催・各派共有の一大教堂の設立などが規定されている。
　上記の「運動方略及び希望」にあるように、「日宗統一」と「諸宗の人法」の「折伏摧破」による折伏の強調が、統一団の基本方針であった。つまり統一団は、さかのぼれば宗義講究会の活動にはじまり、この四箇格言問題を契機として発足したといえる。はっきりとした折伏重視の宗教的パースペクティヴに依拠し、日蓮門下教団の統合（とさらに仏教の統一）を目的として結成された組織であった。教団改革を実行した日生を中心とする妙満寺派の革新派僧侶たちは、宗義講究会に集まり、今また統一団に集結した。日生たちの日蓮門下統合運動の起点が、この統一団の設立にあったことを確認しておこう。
　なお、統一団の正式な団結式は、12月13日、東京の江東区の井生村楼で挙行された。日生、小林や清瀬を中心とする妙満寺派の有志たちが集まった。機関誌「統一団報」も翌年１月に創刊され、当初は月２回刊行された（９月から月刊化。1902年10月に「統一」に改称）。